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开发的小鼠基因活动数据库

2019-06-29 09:15:44 • 来源：

弗朗西斯克里克研究所的科学家们开发了一个综合的十种疾病模型小鼠基因活动数据库。该团队表示，它提供了对不同病原体的免疫反应的全貌。

开发的小鼠基因活动数据库

该数据于昨天在Nature Communications上发布，可通过在线应用程序获得，显示每种小鼠基因的活性 - 超过45,000个基因 - 在具有十种不同疾病的小鼠的血液中。对于涉及肺的六种疾病，还检查了来自肺的样品。

以前，研究人员必须创建，感染，剔除，从小鼠中获取样本并提取和测序RNA以研究他们感兴趣的基因。使用实验室为本研究创建的应用程序，研究人员将能够检查活动任何基因都可以在不需要自己的小鼠的情况下跨越多种疾病。这可以防止数千只小鼠被用于个体实验。

“通过对肺组织和血液进行测序，我们还可以看到血液中的免疫反应如何反映肺部的局部反应，反之亦然。这将有助于我们了解我们可以从血液中的遗传特征中学到什么，因为对于大多数疾病，医生无法从患者身上获得肺部样本。“由Crick集团领导人Anne O'Garra领导的研究小组使用RNA-seq来测量不同疾病的基因活动。“基因活动可以向我们展示身体如何对感染和过敏原做出反应，”O'Garra解释道。“有数千种基因参与任何免疫反应，因此我们实验室的生物信息学博士后Akul Singhania使用先进的生物信息学方法将基因聚类成模块。这些模块代表共同调节的基因簇，通常可以注释确定它们的功能和已知的生理作用。例如，在38个肺模块中有一个与过敏相关的模块，仅在过敏模型中看到，包含100多个基因和另一个与含有200多个基因的T细胞相关的模块。

使用该应用程序，研究人员可以查找感染了一系列病原体的小鼠的肺和血液中的基因活性：寄生虫弓形虫，流感病毒和呼吸道合胞病毒(RSV)，细菌伯克霍尔德氏菌，真菌白色念珠菌，或过敏原，屋尘螨。他们还可以看到李斯特菌，小鼠巨细胞病毒，疟疾寄生虫Plasmodium chabaudi chabaudi或慢性伯克霍尔德氏菌感染的小鼠血液中的基因活性。

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