新的生物信息学工具可识别CRISPR-Cas系统并对其进行分类
新的CRISPRdisco自动化管道旨在提高日益多样化的CRISPR-Cas基因组编辑系统的实用性和可用性,帮助研究人员识别基因组装配中的CRISPR重复序列和cas基因。免费提供的软件提供标准化,高通量的分析方法,可检测CRISPR重复序列并准确分配类别,类型和亚型,如The CRISPR Journal上发表的文章所述。
CRISPR发现(CRISPRdisco)起源于北卡罗来纳州立大学实验室的Rodolphe Barrangou,PhD,The CRISPR Journal的主编。Barrangou博士及其同事,北卡罗来纳州立大学的Alexandra Crawley,罗利和James Henriksen,AgBiome,北卡罗来纳州达勒姆,共同撰写了题为“CRISPRdisco:用于发现和分析CRISPR-Cas系统的自动化管道”的文章。
在这项研究中,研究人员使用CRISPRdisco在来自NCBI RefSeq数据库的2,777个完整基因组中鉴定和分类可能的CRISPR-Cas系统。他们强调了能够区分完整和不完整的CRISPR系统以及确定体内潜在完整和功能性CRISPR-Cas系统与计算机中CRISPR-Cas多样性之间的联系的重要性。重要的是,该平台可通过GitHub随时供所有人使用,并使新手能够在各种基因组数据集中挖掘和表征CRISPR-Cas系统。
“新的生物信息学工具,程序和数据库有助于推动CRISPR革命,我们很高兴为这些重要平台的验证提供论坛,”The CRISPR Journal执行编辑Kevin Davies博士说。
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