基因沙拉生菜基因组组装发表

今天(4月12日)，加州大学戴维斯分校的研究人员在自然通讯中宣布，他们已经解开了关于莴苣和相关植物的遗传信息宝库，发布了第一个用于生菜和庞大的菊科植物家族的全基因组装配。花园生菜，或莴苣，是植物物种，其中包括沙拉吧的价值生菜种，从冰山生菜来。每年的农场价值超过24亿美元，它是最有价值的新鲜蔬菜，也是美国十大最有价值的作物之一。生菜是巨大的Compositae 家族的成员，其中包括植物世界的好，坏和丑陋，从雏菊和向日葵到豚草和可怕的星蓟。

该基因组组装的数百万DNA序列-a汇编成一个有用的遗传肖像，为研究人员提供了探索菊科植物的许多其他植物，一个有价值的工具。“这个基因组装配为这整个植物家族的许多进一步遗传，进化和功能研究提供了基础，”Sebastian Reyes-Chin-Wo说，他是植物遗传学家Richard Michelmore实验室的第一作者和研究生。“这是特别重要的，因为菊科植物是地球上最成功的开花植物家族，在物种和环境的数量方面，”加州大学戴维斯分校基因组中心的理查德米歇尔莫尔说。

一式三份的基因可以解释成功：

研究人员发现，莴苣基因组中的特定基因与某些物理特性一致 - 就像生产含橡胶的乳状液体一样 - 在分类学上也有不同的物种，如橡胶树。

该研究还提供了证据，证明在大约4500万年前的生菜进化过程中，它的基因组是“三重的”。结果，四分之一的基因组 - 包括其所有已鉴定基因的约30% - 现在出现在多个相关区域。因为这种基因组重复可能使植物物种在新环境中定居的优势，古老的三倍体事件可能部分地解释了菊科植物家族的成功。

新技术可以产生更精确的信息：

Michelmore指出，这是第一个报道的植物物种基因组装配，这是由于使用了一种新技术，该技术可以提供有关蛋白质结合的DNA序列的物理接近度的信息。

由Dovetail Genomics公司开发的这种新方法，一种从加州大学圣克鲁兹分校出来的公司，产生了更连续和准确的基因组装配，尽管莴苣有一种较大的植物基因组测序，他说。

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