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全基因组测序用于预测脓肿分枝杆菌克拉霉素耐药性

2018-12-27 19:50:27 • 来源：

标准的抗菌素药敏试验(AST)方法会延迟最佳抗菌素治疗的选择。在此，我们试图确定纳米孔全基因组测序确定的抗生素耐药性(AMR)决定因素在预测AST结果中的准确性。(i)实时纳米孔分析方法识别获得的AMR基因，(ii)基于组合的纳米孔方法识别获得的AMR基因和染色体突变，以及(iii)使用纳米孔组件的短读校正方法。

全基因组测序用于预测脓肿分枝杆菌克拉霉素耐药性

纳米孔装配体的短读校正是确定纳米孔测序结果准确性的参考标准。通过实时分析方法，获得的AMR基因在离体8 h内全部注释。亚种分离株在14 h内组装出足够的耐药基因和单核苷酸多态性注释。40k基因型结果与AST预测结果总体一致。实时方法和装配方法的肺炎分离株分别为77%(范围30% - 100%)和92%(范围80% - 100%)。

评估病人贡献40隔离,实时方法和装配方法可以缩短平均时间有效的抗生素治疗20 h和26 h,分别比标准的AST。纳米孔测序提供了一个快速的方法来准确地识别耐药机制和预测AST k .肺炎隔离的结果。生物信息学的改进使实时校准成为可能，再加上快速提取和库制备，将进一步提高纳米孔实时方法的准确性和工作流程。

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