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研究人员推翻了有关下一代DNA技术功效的智慧

2018-12-25 08:36:06 • 来源：

宏基因组学使我们能够以比以往更大的规模研究微生物生态学，并揭示以前看不见的微观生命多样性。科学报告中出现的一项新研究表明，衡量微生物生物多样性的一种有利方法并不像以前认为的那样准确。题为“ 16S扩增子和霰弹枪测序之间微生物多样性发现的大规模差异”的文章是一个国际研究团队的合作，包括纽约城市大学(CUNY)City Tech的Mercer R. Brugler博士。

研究人员推翻了有关下一代DNA技术功效的智慧

现代宏基因组环境DNA研究几乎完全依赖于新一代测序(NGS)，使得方法评估至关重要。研究人员在巴西四个主要河流漫滩系统(亚马逊，阿拉瓜亚，巴拉那和潘塔纳尔)的水样中比较了两种NGS技术 - 扩增子和霰弹枪。通过扩增子测序鉴定的门的不到50%是从鸟枪测序中恢复的，从根本上挑战了霰弹枪恢复比基于扩增子的方法更多样化的教条。扩增子测序也显示出大约27%的家庭。总体而言，扩增子数据在不同分类学规模的生物多样性和群落生态学分析中更为稳健。

这项工作使类似研究的样本量增加了一倍，并且新颖地整合了每个站点的环境数据(例如，pH，温度，营养素)，根据使用的数据显示出不同的相关性。虽然可以获得有关NGS技术和生物信息管道的无数变体，但结果表明迄今为止在任何研究中都没有突出的核心差异。鉴于将猎枪数据与基于进化枝的分类算法相结合时确定的分类群数量较少，以前使用此类生物信息学工具量化生物多样性的研究应谨慎观察或重新分析。尽管如此，霰弹枪具有互补的优势，在设计项目时应该权衡。

这项研究的结果将对先前使用霰弹枪数据的微生物生物多样性分析以及微生物DNA如何从这一点进行测序和/或分析产生影响。

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