新的基因组学工具CITE-Seq可以对单个细胞进行大规模的多维分析

由纽约基因组中心(NYGC)的科学家开发的一项新技术代表了单细胞RNA测序的重要一步，这是一个先进的基因组学领域，可以提供对单个细胞的详细见解，并可以区分不同的细胞类型和研究个体细胞水平的疾病机制。通过测序，CITE-seq或转录组和表位的细胞索引将表面蛋白标记物的测量结合在数千个单细胞上，同时测序那些相同单细胞的信使RNA(mRNA或转录组)。

NYGC研究人员对CITE-seq的概念验证研究(今天发表在Nature Methods上)监测了10种表面蛋白，以及8,000个单细胞的转录组，这是迄今为止多维单细胞分析的最大规模证明。

“没有其他方法可以同时测量相同规模的转录组和蛋白质，”负责CITE-seq开发的NYGC技术创新实验室研究科学家Marlon Stoeckius博士说。“CITE-seq增加了已建立的转录组分析方法，对所产生数据的质量没有任何不利影响。”

先前的方法依赖于通过细胞计数捕获单个细胞的蛋白质信息，然后将这些细胞沉积到平板上用于单细胞RNA测序。目前的方法遭受低通量(可分析的细胞数)并且限于相对少量的蛋白质标记物。

CITE-seq的蛋白质检测组分基于DNA条形码化抗体，其产生可测序的读数，其与细胞的转录组一起被捕获。CITE-seq生成的蛋白质和RNA数据的整合需要定制数据分析，该分析是与NYGC核心教员Rahul Satija博士实验室密切合作开发的。作为CITE-seq功效的一个例子，研究人员使用多模态数据来识别仅基于转录组难以区分的自然杀伤(NK)细胞的亚类。

CITE-seq更精细地解剖细胞群的能力在临床研究中具有许多潜在的应用。“未来可能的一个方向是在肿瘤样本中使用CITE-seq来检查个体肿瘤细胞和浸润肿瘤的不同免疫细胞库。这种方法在肿瘤异质性的深度表征和肿瘤的发展中非常有用。新的免疫治疗方法，“Stoeckius博士说。

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