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哪些序列使DNA解开并呼吸

2018-12-17 11:34:19 • 来源：

获取包裹在基本包装单元中的DNA(称为核小体)取决于DNA构建模块或碱基对的基础序列。像圣诞礼物一样，一些核小体比其他核小体更容易解开。这是因为使双螺旋更硬或更柔软，笔直或弯曲的原因 - 换句话说，决定其弹性的因素 - 是实际的碱基对序列。在EPJ E发表的一项新研究中，来自荷兰莱顿大学的Jamie Culkin及其同事证明了DNA序列在使包装的DNA开放并让基因被读取和表达的可能性中的作用。

哪些序列使DNA解开并呼吸

早在1995年，来自美国伊利诺伊州西北大学的已故生物化学家Jonathan Widom就证明了核小体“呼吸”的时间很短，因为DNA部分地从蛋白质圆筒中解开。这是由于与温度变化有关的波动。过去的实验非常准确地测量了DNA线轴的不同部分对于切割该DNA的酶的相对可及性。

跟随他的脚步，作者开发了一个模型，该模型使用计算机模拟，并基于他们自己以前发表的核小体的粗粒度模型。之前的工作假设DNA分子中存在第二层信息，其中一层是机械性的。相比之下，在这项研究中，使用具有序列依赖性DNA弹性的核小体模型，作者研究了碱基对序列对基因读数的核小体可及性的影响。他们的方法详细解释了基础DNA纳米力学如何决定核小体的物理特性。

顺便提一下，该模型还可用于解释与基因编辑技术CRISPR相关的新研究，该技术应用于包裹在核小体中的DNA，并依赖于细菌作为检测和破坏外源DNA的免疫系统。

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