大型复杂数据集的可视化方面的进步
对主要的数据可视化工具t分布随机邻域嵌入(t-SNE)的改进,称为优化t-SNE(opt-SNE),为研究人员准确查看其数据集中的内容提供了新的亮点。
opt-SNE是近十年前广泛使用的t-SNE的改进。尽管t-SNE可以准确分析任何给定样本中的大约一百万个细胞,但近年来,单细胞数据集已经变得更大。借助opt-SNE,研究人员现在可以以前所未有的分辨率可视化包含数千万个细胞的样本中的数据。opt-SNE的开发由波士顿大学医学院(BUSM)病理学和实验室医学助理教授Anna Belkina博士领导。
除了能够正确处理大型数据集之外,opt-SNE还能够成功地可视化所测血样中很小的不同细胞群(这些组中的每个细胞十分罕见,占总数的十万分之一)样本中的细胞数)。在opt-SNE之前,这种精确的大规模可视化不可能同时放大微小的种群。“ t-SNE最初是一种“千篇一律”的算法,但是opt-SNE计算是针对每个单独的数据集量身定制的,因此可以鸟瞰和近距离查看样品中的物质。 opt-SNE,既可以看到大海捞针,也可以看到里面的针头。”该研究的通讯作者Belkina解释说。“这是一个特别有价值的工具 用于细胞计数和单细胞转录组学数据的研究”。
opt-SNE使研究人员可以找出以前无法检测到的特征,从而将病变样品与对照区分开。这种进入疾病状态的新视角可能揭示出治疗的新目标以及新的生物学现象。由于Belkina与主要的单细胞数据分析平台的开发人员正在进行的合作,该方法已被多个研究小组使用,这些开发人员已将opt-SNE实施到Omiq.ai云分析平台(Christopher Ciccolella,MS)和FlowJo软件(Josef Spidlen)中博士和Richard Halpert博士)并共同撰写了手稿。一个开源的选择,SNE包也得到了释放。
推荐内容
-
遗传因素是学业成功的关键
根据对双胞胎的一项大型新研究,遗传学解释了学校成就中60%以上的个体差异。多年来,研究将教育成就与生活轨迹联系起来,例如职业地位,健
-
12月14日绍兴隔离区疫情最新数据公布 昨日,绍兴市新增确诊病例37例
温馨提示:一旦出现发热、干咳、乏力、鼻塞、流涕、咽痛、嗅觉味觉减退、结膜炎、肌痛和腹泻等症状,应及时按规范程序就诊,并主动告知1...
-
新型纳米疫苗对流感病毒具有持久的保护作用
格鲁吉亚州立大学生物医学科学研究所的一项研究显示,一种新型纳米疫苗将两种主要的流感蛋白结合在一起,能有效地提供广泛、持久的对小...
-
中国梦之探月梦最新消息 为什么一定要坚持探月呢?
2020年12月17日1时59分,嫦娥五号载土归来。今天的你是否有在关注人类探索太空的步伐永无止境。中国梦之探月梦圆满我完成一事呢?下面跟小编
-
重新思考病毒在珊瑚礁生态系统中的作用
传统观点认为,在病毒 - 细菌种群动态中,病毒经常杀死宿主细菌细胞 - 这一过程称为裂解 - 特别是当细菌浓度很高时。一种称为溶原性
-
棘手的浅滩在他们的集体性格上有所不同
剑桥大学的研究表明,在学校教育的鱼类中,群体可以有不同的集体性格,一些浅滩更紧密地联系在一起,更好地协调,并且表现出比其他人更...
-
单细胞RNA分析
LMU团队提高了一种流行的单细胞RNA测序方法的灵敏度和效率,该方法根据基因活性模式为单个细胞提供分子指纹。人体由130亿个细胞组成 - 每
-
疟疾如何欺骗免疫系统
消除疟疾的全球努力在很大程度上取决于科学家超越疟疾寄生虫的能力。而恶性疟原虫是众所周知的聪明:它很快就产生了对药物的抵抗力,并...
-
撒哈拉以南非洲地区有望在适当条件下消除疟疾
根据发表在《PLOS计算生物学》上的最新研究,如果能够积极部署,则可以使用像南非这样历史悠久的高传播地区消除疟疾。在过去的一个世纪中,
-
地中海饮食可能有助于保护移植受者的肾脏健康
一项新的研究表明,遵循地中海饮食可能有助于肾移植受者维持移植肾功能。这些发现出现在即将出版的《CJASN》杂志上。 尽管移植后早期移...