科学家以非常低的成本根据其DNA识别有害细菌

一种新的细菌鉴定方法，称为ON-rep-seq，可检查细菌基因组的选择性，菌株特异性片段，从而产生较早的结果，而该结果需要对整个细菌基因组进行DNA测序或诸如脉冲场凝胶电泳之类的乏味方法，以前一直是微生物菌株级分型的金标准。因此，该方法有可能通过减少分析的时间和成本消耗来改变用于调查基于食物的疾病暴发的方法。

如今，基于细菌DNA的细菌检测和鉴定需要昂贵的仪器，并且需要训练有素的专家进行数小时的工作。假设有一个怀疑的沙门氏菌爆发。通常，为了确定其起源，研究人员不仅要分析许多样品，而且分析必须精确，以便将一种细菌菌株与另一种细菌菌株区分开。

这项研究的一位研究人员卢卡斯说：“我们的新方法可以在不到两个小时的时间内识别和分类数百个样本，我们希望在短时间内可以将其减少到”实时”。丹麦哥本哈根大学食品科学系副教授Krych。

该方法建立在用于太空DNA测序的设备上

Lukasz Krych说，这种新方法基于纳米孔测序，它是一种新型的实时DNA测序方法，“肯定会彻底改变DNA测序的未来。”

该研究项目是与波兰公司GenXone SA合作进行的，该公司帮助建立了生物信息学流水线，而该流水线对于快速，高效地分析测序数据是必需的。

样品制备后，将MinION设备装载基因组片段，以从数百种细菌分离物中鉴定出细菌菌株。左：哥本哈根大学食品科学系副教授Lukasz Krych和博士后Josue L. Castro Mejia。图片提供：哥本哈根大学食品科学系

牛津纳米孔技术有限公司提供的最小的测序仪，称为MinION，是一款售价999美元的手持式USB供电设备，于2015年商用。一年后，它被带到了国际空间站，在那里它实现了首次DNA测序。历史上是在零重力条件下进行的。尽管MinION提供了无可争议的DNA测序革命，但很快就很清楚了该设备生成的数据由于测序错误而仍然不完美，例如，尽管分析仍然相对昂贵(每个细菌约150美元)。

具有快速和廉价分析的小型设备为食品安全提供了巨大的机会

哥本哈根大学食品科学系的科学家们发现了一种利用这项技术一次分析数百种细菌的方法，将成本降低到每个细菌不到2美元，而同时将准确性提高到了200多美元。 99%。

“我们的方法既可以在食品安全组织内使用，您可以在其中迅速找到引起疾病或促进健康的细菌，也可以在卫生部门中使用，因为您可以进行某些分析，而这些分析今天甚至没有被考虑到，因为传统分析的价格和费时的性质，”研究背后的另一位研究人员Postdoc Josue Leonardo Castro Mejia说。

目前，有几家公司测试该方法在其系统中实施，以建立针对数千种菌株的快速筛选程序。

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