基因沙拉生菜基因组组装发表
今天(4月12日),加州大学戴维斯分校的研究人员在Nature Communications上宣布,他们已经开启了有关生菜和相关植物的遗传信息的宝库,发布了第一个用于生菜和巨大的菊科植物家族的全基因组装配。
花园生菜,或莴苣,是植物物种,其中包括沙拉吧的价值生菜种,从冰山生菜来。每年的农场价值超过24亿美元,它是美国最有价值的新鲜蔬菜和10种最有价值的作物之一。
生菜是巨大的Compositae家族的成员,其中包括植物世界的好,坏和丑陋,从雏菊和向日葵到豚草和可怕的星蓟。
该基因组组装的数百万DNA序列-a汇编成一个有用的遗传肖像,为研究人员提供了探索菊科植物的许多其他植物,一个有价值的工具。
“这个基因组装配为这整个植物家族的许多进一步遗传,进化和功能研究提供了基础,”Sebastian Reyes-Chin-Wo说,他是植物遗传学家Richard Michelmore实验室的第一作者和研究生。
“这是特别重要的,因为菊科植物是地球上最成功的开花植物家族,在物种和环境的数量方面,”加州大学戴维斯分校基因组中心负责人理查德米歇尔莫尔说。
一式三份的基因可以解释成功:
研究人员发现,莴苣基因组中的特定基因与某些物理特性一致 - 就像生产含橡胶的乳状液体一样 - 在分类学上也有不同的物种,如橡胶树。
该研究还提供了证据,证明在大约4500万年前的生菜进化过程中,其基因组是“三重的”。结果,四分之一的基因组 - 包括其所有已鉴定基因的约30% - 现在出现在多个相关区域。因为这种基因组重复可能使植物物种在新环境中定居的优势,古老的三倍体事件可能部分地解释了菊科植物家族的成功。
新技术产生更精确的信息:
Michelmore指出,这是第一个报告的植物物种基因组装配,这是由于使用了一种新技术,该技术可以提供有关蛋白质结合的DNA序列的物理接近度的信息。
由Dovetail Genomics公司开发的这种新方法,从加州大学圣克鲁兹分校出来,导致更连续和准确的基因组装配,即使莴苣有一个更大的植物基因组测序,他说。
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