新工具筛选微卫星突变的癌症序列

两个新的计算工具MSMuTect和MSMutSig可以帮助揭示常见DNA特征中称为微卫星的突变在癌症中的出现频率和贡献。

微卫星 - 长的短DNA重复片段，例如TCGTCGTCG或ACACAC，在整个基因组中，在基因内外都是常见的。研究人员将微卫星中遗传的插入和缺失突变(也称为“插入缺失”)与40多种遗传性疾病联系起来，临床实验室常规检测某些癌症中的自发性或后天性(也称为体细胞)插入缺失。然而，技术挑战阻碍了使用基因组测序系统地编目癌症相关的体细胞微卫星插入突变的努力。

在Nature Biotechnology，由Broad Institute癌症基因组计算分析小组和麻省总医院癌症研究中心和病理学系的Yosef Maruvka和Gad Getz领导的研究小组揭示了两种用于检测肿瘤细胞测序数据中微卫星插入缺失的计算工具。。这些工具被称为MSMuTect和MSMutSig，它们分别使用统计方法a)识别微卫星插入缺失，以及b)突出显示比偶然预期更多的基因。

Maruvka，Getz和他们的合作者使用来自6,747个肿瘤的全外显子组序列数据测试了这些工具 - 代表了由癌症基因组图谱分析的20种癌症和匹配的正常组织。这两个工具揭示了超过1,000个先前未描述的体细微卫星插入缺失，以及七个基因中潜在的癌症促进插入“热点”，其中三个基因以前没有被认为是癌症驱动因素。

此外，研究小组发现，使用MSMuTect，他们可以根据微卫星不稳定性水平(即肿瘤发展微卫星插管的倾向)正确分类肿瘤 - 具有潜在的临床重要性。

MSMutTect和MSMutSig增加了由Getz及其同事开发的大型且仍在增长的序列分析工具包，用于检测和描述癌症序列数据中的体细胞突变和其他变异，包括原始MutSig和MuTect(用于表征点突变)，MutSigCV(其中)结合基因表达和其他数据以增加MutSig的准确性)，绝对(用于测量肿瘤样本的纯度和寻找染色体异常数量的证据)和GISTIC(用于追踪具有显着拷贝数改变的基因组区域)。

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