在刚果民主共和国(DRC)，已鉴定出首个具有广泛耐药性的鼠伤寒沙门氏菌(XDR)菌株，该病原菌每年导致撒哈拉以南非洲地区数百万的血液感染。耐药性已经在连续组增加S.伤寒随时间。这些新菌株对DRC中除一种常用药物以外的所有药物都有抗药性，其中一个样品显示出对这种最终抗生素的敏感性降低。

该研究于2019年9月19日发表在《自然通讯》上，由安特卫普热带医学研究所(ITM)，刚果民主共和国国家生物医学研究所(INRB)，维康大学桑格研究所(University of Wellcome Sanger Institute)的研究人员进行剑桥大学及其合作伙伴。调查结果表明，S.鼠伤寒沙门氏菌在撒哈拉以南非洲地区已经发展在过去几十年，并继续这样做。需要一种多方面的方法来跟踪和控制XDR 沙门氏菌的传播，包括进一步的微生物学和基因组监测。

大多数沙门氏菌感染会导致与食物中毒有关的症状。虽然不愉快，但症状在大多数情况下不会威胁生命。但在撒哈拉以南非洲，沙门氏菌如S.鼠伤寒沙门氏菌可引起血液，被称为侵入非伤寒感染沙门氏菌(整数)感染。

每年，INTS感染估计影响到340万人，并导致全球681316人死亡，其中大部分是由引起S.鼠伤寒沙门氏菌。在像刚果(金)这样的地方，由于难以获得医疗保健，基础设施面临挑战以及免疫力减弱，iNTS感染的控制和治疗变得复杂，尤其是五岁以下的儿童处于危险之中。

已知的是，在撒哈拉以南非洲的整数感染是由一种类型的主导S.称为ST313鼠伤寒沙门氏菌，其与抗生素抗性相关。两组ST313(分别称为I和II血统)独立分裂，然后扩散到非洲大陆。随着时间的流逝，抗生素耐药性一直在增长，现在世袭II现在是iNTS感染的主要原因。

现在，全球研究合作伙伴正在努力了解沙门氏菌 ST313 如何继续发展和发展耐药性。对收集到的来自刚果(金)人民医院疑似血流感染的血液样本的工作，从INRB和ITM研究人员观察到的抗生素抗性水平从未见过S.鼠伤寒沙门氏菌引起血流感染，包括对抗生素阿奇霉素抗性-通常在储备中持有的药物证明其他人无效。

为了更好地理解这些发现，对这些菌株进行了基因组测序和分析，包括在ITM和Wellcome Sanger研究所进行的生物信息学分析和实验室实验，以及在基因组病原体监测中心(CGPS)进行的机器学习分析。这些鼠伤寒沙门氏菌基因组的分析确定了一个新的亚组，从ST313分支出来，称为谱系II.1。估计在2004年出现，这个新的研究小组表现出广泛的耐药性(XDR)。

热带医学研究所的研究第一作者，惠康桑格研究所的客座科学家桑德拉·范·普伊维尔德博士说：

所有促成“ XDR”的抗生素抗性基因都存在于同一质粒中。这令人担忧，因为质粒是可转移到其他细菌的可移动遗传元件。在积累更多的抗生素抗性的同时，我们发现新型鼠伤寒沙门氏菌系还显示出进一步的遗传和行为变化，表明细菌正在朝着血液感染的方向不断发展。

研究人员还研究了路S.鼠伤寒沙门氏菌是适应侵入性“生活方式”，从形式移开沙门氏菌引起对导致撒哈拉以南非洲的危险侵入血流感染的各类肠胃疾病。除实验室实验外，还使用机器学习算法对样品进行了测试，该算法旨在查找沙门氏菌 DNA中的特征性模式，这些特征性模式表明可能导致危险的侵入性感染。

惠康桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)基因组病原体监测中心的生物信息学家妮可·惠勒(Nicole Wheeler)博士说：

在实验室中，我们观察到了另一类侵袭性沙门氏菌中新出现的鼠伤寒沙门氏菌的变化。作为生物信息学家，有趣的是我们能够使用机器学习来掌握这些变化。人们希望，在不久的将来，我们将能够部署机器学习在一个更具预测性的角色，以帮助控制细菌如耐药菌株的出现和蔓延S.鼠伤寒沙门氏菌“。

INRB和ITM已经在过去的十年里它一直是举足轻重的在早期发现的XDR建立血液感染监测S.鼠伤寒沙门氏菌。

刚果民主共和国国家资源局的Octavie Lunguya教授说：

在进行血液感染监测活动时，我们从刚果民主共和国各地医院的患者中分离出鼠伤寒沙门氏菌。现在至关重要的是，我们必须密切监视细菌及其进程。”

剑桥大学的Gordon Dougan教授说：

像这样的研究是独一无二的，因为我们通过应用尖端技术的深入生物学研究，在全球医院观察到的最重要的健康问题之间架起了桥梁。像这样的合作是关键，并且在将来对获得有关新兴疾病的进一步见解将很重要。