基因组测序可以成为新的手持设备的家喻一词

在五年内，消费者可能会开始使用小于翻盖手机的设备来监控空气，测试他们的食物或诊断什么病菌导致胃部不适。而这种能力的根源在于现在只针对科学家 - 基因组测序。

这是来自英国和加拿大的一组科学家的信息，他们在大学站的德克萨斯A&M AgriLife研究中向来自美国各地的约40名研究人员讲授了为期一周的课程。

组织者说，这门课程是一种“成人书呆子夏令营”。该课程不是通过实验室中数百万美元的设备指导基因组学和生物信息学的艺术和科学，而是使用牛津纳米孔技术公司制造的minION-a测序系统。基本上，它是一个放置样品的手持设备，然后在几分钟内将样品的基因组翻译成一台笔记本电脑。

“这个系统的移动性对这种设备来说很有吸引力，”温哥华不列颠哥伦比亚大学的minION讲师和研究助理John Tyson博士说。

根据伯明翰大学独立研究员，民主教练Nick Loman博士的说法，该装置已被用于对抗几内亚偏远丛林中的埃博拉病毒并对蚊子和人类进行采样，以便在巴西东北部存在寨卡病毒。英国。

洛曼说，了解早期存在的病原体，可以帮助科学家开始更多地进行监测，从而预防而不是在问题出现后对问题作出反应。

根据大学站AgriLife研究基因组学和生物信息学服务主任Charlie Johnson博士的说法，minION代表了需要高度便携系统的研究人员的巨大飞跃。首先，许多研究发生在不能使用大型设备的偏远地区。其次，结果越快，它们转化为动作的速度就越快。

“话虽这么说，这种类型的便携式技术是不是我们习艺企业级Illumina测序系统的替代品，它可以做48个人类基因组计划相当于在48小时内，”约翰逊说，并指出，第一人类基因组计划了13年。“相反，minION是我们基因组工具带中另一个神奇的工具。”

“培训他人使用这种技术有助于研究，”约翰逊说，他与德克萨斯A&M兽医学院的Robert Burghardt博士和Ashley Gustafson共同主持了此次活动。“教250名学生如何使用技术比尝试单独处理许多项目更容易。至少在农业方面，我们的最终目标是为人类提供食物，因此这有助于我们为此找到进一步的发现。”

事实上，虽然该技术最终可用于收集典型的家庭信息，但试验场主要是农业，自然资源和医药，约翰逊指出。

事实上，参加培训的研究人员需要在学习技术的同时使用他们当前项目的实际样本。其中包括对狮子，熊，猫，阿拉斯加冰芯，海牛和各种昆虫如跳蚤和蝎子的研究。找出使这些东西发挥作用的原因，可以说，可以引导研究人员找到解决方案。

“我们只是在摸索表面，”苏格兰爱丁堡大学的minION讲师和基因组学负责人Mick Watson博士说。“这项技术已经到了让消费者能够在三到五年内使用它的地步。”

Watson还强调了农民能够在农场使用低成本技术确定病原体是否存在对作物和牲畜造成过度损害的重要性。

他说，这是关于快速诊断，因此可以提供正确的治疗方法，从而减缓对农药和药物的耐药率。

洛曼同意了。

他说：“医生通常会开一种普通的抗生素来让你感觉更好，而不知道它是否对特定细菌最有效，或者你所拥有的实际上是病毒。”“能够快速获得细菌的基因组序列，而不是等待培养物在实验室中生长，这可能导致使用更窄谱的抗生素，这将限制抗生素抗性的发生率。”

该团队指出，该技术还有一些“离墙”潜在用途，例如精酿啤酒的质量控制。这个为期一周的课程的结束是在奥斯汀的Jester King Brewery实地考察，其中使用了“自然环境和当地农业”。在那里，新装备的学生研究人员和团队收集酵母样本在minIONs上运行。Watson解释说，知道什么酵母存在可以帮助啤酒厂知道如何管理其内容的味道。

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