超快基因测序有助于诊断危重病人

在一项名为宏基因组新一代测序(mNGS)的开创性测试的实际影响分析中，由UCSF科学家开发，用于诊断具有神秘炎症性神经病症的患者，该技术被证明可以比任何标准临床方法更好地识别感染。

“半数脑膜炎和脑炎病例的感染原因在全国各地的医院都未得到诊断，而这些病情严重的病人急需一种更好的检测工具，”实验室医学和医学教授，医学博士，医学博士Charles Chiu说。在加州大学旧金山分校和新研究的高级作者。与通常由医生预感驱动的传统测试不同，mNGS测试提供了一种无偏见的方法，可以检测患者脊髓液中几乎所有可能的病原体 - 细菌，病毒，真菌和寄生虫 - 为医生提供明确的方向。治疗。

该研究于2019年6月13日在“ 新英格兰医学杂志”上发表，旨在招募最具挑战性的病例。为了符合资格，患者必须住院治疗急性神经系统疾病，没有确凿的诊断。该研究包括204名儿科和成人患者，大多数来自加利福尼亚州，患有脑膜炎(脑周围炎症)，脑炎(脑本身炎症)或脊髓炎(脊髓炎症)。

该测试发现许多相同的感染通过传统的实验室测试方法确定，这些方法通常一次寻找病原体，并要求医生知道他们想要成功的是什么。但它也发现所有常规检测都遗漏了13例感染，例如圣路易斯脑炎病毒感染，自1986年以来在加利福尼亚尚未见到。而在超过一半的病例中，mNGS的诊断是在指导这些患者的治疗中不可或缺。在传统检测遗漏的戊型肝炎病毒感染病例中，成功的mNGS诊断可能使患者不必进行肝脏移植手术。

“mNGS测试通常被命令作为最后的测试，我们最终招募了最难诊断的患者，”Chiu说，他也是UCSF-Abbott病毒诊断和发现中心的主任。“所有传统的微生物学测试结合了不到50%的患者的产量诊断。我们已经证明，单一测试 - mNGS - 可以在这个数字上产生显着影响。”

总之，该测试确定了31名患者中32例神经系统感染。除了仅由mNGS进行的13次诊断外，新技术还确认了19种感染，这些感染也是通过常规检测确诊的。

不到一半的脑膜炎和脑炎病例是由感染引起的。其余大多数是自身免疫反应的结果，其中患者自己的身体攻击神经系统。这两种情况需要非常不同的治疗方法，但是 - 在感染患者中抑制免疫力可能是有害的，并且在自身免疫性疾病的情况下给予抗生素是无效的并且可能不必要地促进抗微生物药物耐药性 - 因此医生需要的第一件事就是知道何时治疗这类患者是他们患有哪种类型的炎症性疾病。

“患有传染性和非传染性脑炎的患者在临床上无法区分，”加州大学旧金山分校神经学副教授，该论文的共同第一作者，研究协调员Hannah Sample说。“进行基于广泛的测试，无论是感染规则还是排除感染，都可以真正帮助这些感染之间灰色区域的病例。”

然而，新的测试并不完美，并且有26种感染无法诊断。在大多数这些病例中，来自病原体的DNA不存在于脊髓液中，需要分析不同的样品类型，例如来自脑脓肿的组织，或使用间接测试方法，例如抗体测试，来制造诊断。该研究中的一个例子是西尼罗河病毒感染，它通常无法通过对脊髓液中发现的病毒遗传物质进行测序来鉴定，因为它来得太快。

在某些情况下，mNGS发现一些感染，如结核病，在脊髓液中留下很少的痕迹。但即使这些感染没有在足够高的水平检测到明确报告，知道它们存在，即使是微量，仍然可以通过指导他们下令进行另一次诊断测试以确认病原体是否存在来帮助医生。

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