桃基因组为生物燃料作物的育种策略提供了见解
快速生长的树木如杨树和柳树是候选“生物燃料作物”,预计可以有效地提取纤维素乙醇和更高能量含量的燃料。对这些作物进行驯化需要对树木的生理学和遗传学有深入的了解,科学家们正在转向长驯化的果树以寻求提示。桃子和杨树之间的关系乍一看可能并不明显,但对于植物学家来说,两棵树都是玫瑰花超家族的一部分,其中不仅包括苹果,草莓,樱桃和杏仁等水果作物,还包括许多其他植物。包括玫瑰在内的超级家族的名字。
美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)工厂项目负责人,哈德逊阿尔法生物技术研究所的教员调查员Jeremy Schmutz说:“桃子和白杨树之间的密切关系可以从他们的DNA序列中看出来。”
在3月24日的Nature Genetics版本中,Schmutz和几位同事参与了国际桃子基因组计划(IPGI),该计划发布了Lovell品种Prunus persica的2.65亿基础基因组。
“使用比较基因组学方法,桃子序列的表征不仅可以用于桃子和其他重要树种的改良和可持续性,而且可以增强我们对树木基本生物学的理解,”该团队写道。他们将141个桃基因家族与其他6个完全测序的不同植物物种进行了比较,以揭示独特的代谢途径,例如那些导致木质素生物合成的途径 - 将植物细胞固定在一起的分子“胶水” - 以及解构的关键障碍生物质转化为燃料
对于生物能源研究人员来说,桃子基因组的大小使其成为研究相关基因组中发现的基因的植物模型的理想选择,例如白杨,美国能源部JGI的植物旗舰基因组之一,并开发用于提高生物燃料的植物生物量产量的方法。
“我们感兴趣的一个基因是桃子中所谓的”常绿“基因座,它延长了生长季节,”DOE JGI真核计划负责人Daniel Rokhsar说道,他在2007年开始对桃子基因组进行测序。“从理论上讲,它可以在杨树中进行操作,以增加生物量的积累。“
该出版物是在国际桃子基因组联盟在DOE JGI工厂门户网站Phytozome.net和其他网站上公开发布注释桃基因组装配草案三年后出版的。决定对桃基因组进行测序是在2007年植物和动物基因组XI会议期间首次公布的。
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