可量化蛋白质标签的基因组工程

细胞生物学家最臭名昭着的方法是检测和半定量蛋白质，蛋白质印迹，很可能正在逐渐消失。Sven Eyckerman教授(VIB / UGent)及其同事开发了一套通用蛋白质标签，通过靶向蛋白质组学技术保证蛋白质定量。这些新标签的开发和应用 - 在SRM(PQS)中用于量化的蛋白质型肽 - 在在线开放获取期刊“ 科学报告”中有所描述。

准确了解蛋白质的细胞浓度仍然是一项具有挑战性的任务。基于抗体的方法(如蛋白质印迹和ELISA)灵敏且方便，但检测可能因抗体或表位掩蔽不足而受到阻碍。替代定量策略如选择性反应监测(SRM)不需要任何免疫亲和试剂，而是依赖于使用靶向质谱法来监测蛋白质的表达水平。尽管明确用于靶向蛋白质组学，但是测定开发仍然具有挑战性，因为需要为每种研究的蛋白质选择多种蛋白质型报道肽。

Eyckerman团队设想了一种基于蛋白质标签的通用SRM分析，它不需要为每种感兴趣的蛋白质精心优化靶向蛋白质组学分析。博士生Giel Vandemoortele(VIB / UGent)说：“理想情况下，我们会用一种小肽标记蛋白质，这种肽位于最佳胰蛋白酶环境中，并以基于SRM的检测和定量的最佳MS特性为特征”。

为了实现这一想法，该实验室与Lennart Martens(VIB / UGent)的生物信息学组和Kris Gevaert(VIB / UGent)的蛋白质组学实验室合作。科学家们开发了超嗜热菌Pyrococcus furiosus的蛋白质组，用于获得具有最佳质谱特征的独特序列。“这种古菌的相当极端的栖息地产生了一种真正独特的蛋白质组，为我们提供了独特多肽的重要来源”，Martens说。为了使肽广泛适用于各种模式生物，该团队专门为所有真核生物和所有大肠杆菌菌株寻找肽蛋白质型。保留了两种理想的肽，发现它们适用于复杂裂解液中的直接敏感检测和定量。“之前，我需要为每种感兴趣的蛋白质设置SRM检测，

为了将可量化的标签引入人体细胞的基因组中，科学家们将新的基因组工程工具箱用于实施。“通过CRISPR / Cas9系统，我们可以有效地标记哺乳动物细胞系培养物中的内源蛋白质，为标记蛋白质提供通用的定量读数系统”，Eyckerman评论道。“这增加了一个强大的新颖方面的基因组编辑。内源蛋白质的准确和灵敏的定量现在是可能的，无论是直接或纯化后蛋白一个内蛋白复合物 ”。

郑重声明：本文版权归原作者所有，转载文章仅为传播更多信息之目的，如有侵权行为，请第一时间联系我们修改或删除，多谢。