验证RNA序列数据
一个国际联盟对公开提供的RNA测序数据进行了最全面的分析,为评估临床和基础研究中使用的此类数据的可靠性提供了独特的资源1。
高通量转录组和外显子组测序等技术提供了大量关于基因表达动态的数据,但RNA采样方法的随机性产生了噪声测量,最近的分析表明到目前为止获得的数据并不完全准确。
序列质量控制联盟旨在评估RNA测序数据的准确性和可重复性,相关研究人员现已发布该项目的主要结果。
他们使用多个测序平台在多个实验室对商业上可获得的参考RNA样品进行测序,以产生包含超过1000亿个核苷酸的数据集,该数据集在大约300亿个序列读数中获得,并将这些序列与来自微阵列和定量聚合酶链反应(qPCR)的信息进行比较分析。
虽然相对基因表达的测量在多个测序平台上是准确且可重复的,但许多基因的绝对表达水平的测量根据测序方法而不同。
该研究还确定了人类基因组中大约55,000个已知基因中的绝大多数,以及大约260万个未表征的剪接点,即切割DNA以去除非编码区并将编码区带到一起的位点,然后将其转录为RNA 。
基因具有多个编码区,可以以不同的方式拼接在一起,并且大多数(如果不是全部的话)具有多个“剪接变体”,但是关于它们是如何产生的知之甚少。因此,更好地表征这些拼接点可以提供对该过程的见解。
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