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健壮的SNP条形码可对结核病复杂菌株进行基因分型

2018-12-03 13:06:03 • 来源：

结核病是由有弹性的细菌病原体结核分枝杆菌和其他分枝杆菌物种引起的，统称为结核分枝杆菌复合体(MTBC)。结核病的临床表现范围从肺病到神经系统，淋巴系统或骨骼和关节的感染，并且它取决于致病MTBC病原体的菌株。

不同的菌株来自病原体基因组中DNA核苷酸序列的变化。现在，来自英国，葡萄牙和沙特阿拉伯的一组研究人员提出了一种基于所谓的单核苷酸多态性(SNP)识别不同MTBC菌株的系统1。

通过测序和比较来自1,601个MTBC病原体群体的基因组，他们发现了大约92,000个SNP，其中7,000个是菌株特异性的。

从这些中，他们寻找稳健的SNP - 不太可能发生基因突变的稳定SNP - 并提出了一套62种遗传标记，或“条形码”，对常见的TB菌株进行基因分型。

他们通过在代表所有MTBC菌株的27个已知基因组上测试它们来验证他们选择的标记集。该组区分不同菌株的能力为100%。

能够识别导致患者感染的菌株可以帮助指导进行治疗策略，并且是开发疫苗的重要知识。

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