DOEJGI扩展了综合微生物基因组IMG系统的功能

加利福尼亚州沃尔特克里克 - 美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)扩展了综合微生物基因组(IMG)数据管理系统的功能，更新了IMG / M宏基因组数据管理和分析系统的内容，并且推出了教育伴侣网站IMG / EDU。

IMG 2.6版包括来自国家生物技术信息中心(NCBIs)参考序列(RefSeq)集合的第29版的新微生物基因组。IMG 2.6包含总共4,207个基因组，包括1078个细菌，56个古细菌，40个真核基因组，2,230个细菌噬菌体和803个质粒，这些质粒不是来自特定的微生物基因组测序项目。在这些基因组中，完成了3,737个，草案基因组有470个。IMG 2.6包含308个在DOE JGI测序的微生物基因组，包括237个完成基因组和71个草图基因组。

IMG 2.6包括第一版染色体基因盒(位置基因簇)以及它们在IMG基因组中的保守性估计。用户界面已经改进了用于探索基因盒保存的工具，并包括用于检查基因组功能注释的附加图形查看器。有关IMG 2.6的更多详细信息，请访问：。

IMG / M的内容已经更新，其中包括基于其宏基因组序列分析微生物群落的功能能力的工具，其中包括由微生物群落样本生成的另外三个宏基因组数据集，这些数据集是最近发表的研究的主题。这些包括来自西雅图华盛顿湖的微生物群落的宏基因组和功能分析(Nature Biotechnology，2008年8月)，超盐微生物垫(Molecular System Biology 4，2008年6月)，以及室内城市环境中的空气宏基因组(PLoS One 3) ，2008年4月)。

“IMG / M系统是用于分析宏基因组数据的最全面和不断发展的资源，提供一系列有价值的分析工具以及与主要公共数据库的链接，” Nature Biotechnology论文作者Ludmila Chistoserdova说，他是大学的微生物学家。华盛顿。“虽然功能非常强大，但该系统用户友好且直观，是宏基因组学研究人员真正的”一站式服务“。有关IMG / M的更多详情，请访问：。

已经建立了IMG的特殊版本IMG / EDU，以支持DOE JGI的微生物基因组注释教育计划，用于在IMG中可用的所有基因组的比较背景中使用特定微生物基因组教授微生物基因组分析和注释。

“IMG / EDU将作为基于网络的门户网站的核心，使本科生能够参与微生物基因组注释，”DOE JGI教育计划负责人Cheryl Kerfeld说。“目前，全国12所学校的学生正在分子生物学，遗传学，微生物学和生物化学课程中使用该门户，他们在这些课程中检查基因调用并注释基因和生化途径。通过帮助全球研究人员建立策划的基因组，本科生将使用IMG / EDU发现生物信息学的概念和应用。“IMG / ACT的另一个资源，为管理学生班级和作业以及分享教学提供支持。材料和指导学生研究基因调用和功能注释。

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