虽然可以孤立地研究生物，但是当考虑到它们的环境相互作用时，会出现更全面的图像。同样， 美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)的2018年社区科学计划(CSP)选择的30个提案中的许多提案都是DOE科学用户设施办公室，旨在利用多种基因组和分析能力，以及科学专业知识，专注于生物能源生成和生物地球化学过程所涉及的潜在机制的用户。

“这些新的CSP项目展示了多组学的进一步发展，几乎所有要求的功能基因组学技术包括转录组学，表观基因组学和代谢组学，大约一半跨越我们的科学计划，”DOE JGI用户计划副主任Susannah Tringe说。“他们为基因组学在DOE任务科学中的应用带来了令人兴奋的新研究者，想法和方法。”

根据94份意向书，从76份完整提交材料中选出了CSP 2018年提案。点击此处查看已批准的CSP 2018提案的完整列表。 此外，60%的已接受提案来自新的DOE JGI初级调查员。

在今年接受的提案中：

康奈尔大学的 Dan Buckley旨在使用稳定同位素探测来解剖土壤微生物食物网，这种方法通过提供被消耗并掺入DNA的标记底物来追踪营养物通量。这将使他的小组能够识别和表征在土壤碳循环中起关键作用的未培养微生物。

法国国家农业研究所(INRA)的Boulos Chalhoub将探讨DNA甲基化和重复杂交如何塑造多倍体 Brachypodium hybridum，这是候选生物能源草如柳枝稷的亲缘关系。多倍体植物含有多组染色体，这使得这些基因组的测序和组装更具挑战性，但也可以使植物具有更大的胁迫耐受性。

芝加哥大学的Maureen Coleman将在五大湖中应用综合生态系统基因组学，这些基因组学占地球表面淡水的20%。她将描述参与这些重要水生系统养分循环的微生物的代谢多样性和活动。

俄勒冈州立大学的Byron Crump旨在将宏基因组学和元转录组学应用于代谢河流生态系统中溶解有机物质的微生物，这是包括陆地有机物在内的陆地间转移物质的关键管道。

圣地亚哥加利福尼亚大学(UC)的Alisa Huffaker将利用DOE JGI在植物，宏基因组和合成程序中的多样化能力，并利用代谢组学对高粱和玉米的代谢多样性进行系统分析，以更好地了解微生物组相互作用以及这些草如何容忍各种压力。

佐治亚大学的James Leebens-Mack将开发一个比较植物基因组学框架，涉及35种物种的高质量基因组组装和注释。列出98名共同主要研究人员和Leebens-Mack的开放绿色基因组计划将改进对影响植物生长和对环境压力的反应的基因，调节网络和代谢途径的比较分析，并为植物的有效生产提供工程建议。生物燃料和生物产品。在该提案中，该团队指出，大量研究人员“证明了开发基础设施的重要性和广泛兴趣 - 包括战略抽样的参考质量基因组序列 - 以帮助在整个生命树中进行全面的比较分析。”

橡树岭国家实验室的Udaya Kalluri想知道如何修改候选生物能源原料作物杨树(DOE JGI的植物旗舰基因组之一)中的植物细胞壁，影响植物微生物相互作用和杨树生物燃料生产的效用。

美国农业部ARS谷物疾病实验室和明尼苏达大学的Corby Kistler针对原生草原土壤中细菌和真菌之间的相互对立关系，以及他们的检查和平衡系统如何使多年生植物茁壮成长。他的提议将利用DOE JGI的真菌，微生物，宏基因组和代谢组学功能。

德克萨斯大学西南医学中心的Yu Liu计划在丝状真菌粗糙脉孢菌( Neurospora crassa)中定义DNA染色质结构的全球调控网络，这是生物质真菌转化的重要模式生物。

密歇根州立大学的Norma Martinez-Gomez旨在确定与植物 - 微生物相互作用有关的稀土元素依赖性酶，这些酶可以提高作物产量，例如候选生物能源原料，同时减少对肥料的需求。

加州大学欧文分校的Jennifer Martiny将探讨干旱生态系统中表层土壤微生物对落叶的活动，以了解水分和温度的日常循环如何影响养分循环。

Neslihan助教劳伦斯·伯克利国家实验室，最近被任命为一个DOE早期职业研究计划获奖者，计划在流域生态系统中使用的测序和代谢组学探索微生物的功能随着时间的推移。她的团队已经在科罗拉多州的两个高海拔溪流中从土壤 - 水生界面采集样本。

唐纳德丹佛斯植物科学中心的Ru Zhang正在调查模型绿藻莱茵衣藻( Chlamydomonas reinhardtii) -由DOE JGI进行基因组测序和组装 -如何借助代谢组学调节其对热应激和日长的反应。该信息可能导致藻类菌株产生更多生物质以转化为生物燃料。

这些项目以及本轮CSP中选出的其他17个项目代表了将DNA测序与其他分析方法相结合的新方法，以探索支撑生物能源和生物地球化学过程的生物关系。了解微生物如何与其他微生物和植物共同生活，植物基因组多样性如何由DNA修饰产生，微生物如何利用可利用的当地营养资源，以及如何理解和潜在利用代谢可塑性等问题，将有助于科学家利用高通量DOE任务目的的分析方法。