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新的交互技术使稀有细胞类型可见

2019-05-13 09:12:27 • 来源：

来自莱顿大学医学中心(LUMC)和代尔夫特理工大学(TU Delft)的研究人员在科学期刊Nature Communications上展示了一种交互技术，用于鉴定大样本中的稀有细胞类型。LUMC的Frits Koning教授说：“你可以在大海捞针中找到一根针。”

新的交互技术使稀有细胞类型可见

为了了解某些疾病是如何发生的，研究人员在大量数据中搜索精确信息。自2013年以来，LUMC一直使用CyTOF，这种机器能够在肠粘膜或血液等样本中同时表征数百万个细胞。CyTOF通过测量细胞壁上约40种蛋白质的每个细胞的存在来实现这一点。使用LUMC和TU Delft开发的新方法，研究人员现在可以详细研究这些数据。

“这种样本包含数百种不同的细胞类型，”免疫血液学和输血部门(IHB)的LUMC研究员Vincent van Unen解释道。“已经有方法可用于分析CyTOF数据，但这些数据或者提供了所有细胞的全局图片，或者随机组细胞的详细图片，比如大约20%。但是组织样本中最有趣的细胞类型，与生病或健康相关的细胞类型通常很少，如果你只是详细研究一组细胞，你会错过它们。

概观

新的分析技术解决了这个问题。该系统首先产生二维图像，其中来自组织样本的细胞根据其潜在的相似性进行分组。细胞没有单独显示 - 这样做会导致杂乱的斑点。相反，它们被显示为“地标”，代表彼此相似的细胞的小区域。“这个概述遗漏了细节，但所有可用的信息都用于计算地标，”安娜维拉诺瓦博士计算机图形和可视化组的TU Delft博士候选人Nicola Pezzotti说。

然后，用户可以放大所选择的一组细胞，直到具有相关标记的单个细胞可见。Pezzotti说：“你可以将它与谷歌地球进行比较，你可以从整个地球开始，然后放大到你自己的街道。”这种分层的视觉方法，Cytosplore+ HSNE，可以轻松，快速和良好地工作。“地标代表了已知的细胞群，例如免疫系统中的某些T细胞和B细胞，”LUMC和TU Delft的研究员ThomasHöll说道，他帮助开发了这种方法。

“通过放大，有可能找到缺失或确实存在于特定疾病中的罕见细胞类型，例如慢性肠病，克罗恩病。这为我们提供了解该疾病，诊断和靶向治疗的线索。 “。

11月23日出现在Nature Communications上的文章“分层随机邻域嵌入的质谱细胞数据的可视化分析揭示了稀有细胞类型”。

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